Bioinformatics for beginners-有關生物資訊初學者雜談

Bioinformatics for beginners-有關生物資訊初學者雜談
Photo by Clay Banks / Unsplash

我第一次接觸生物資訊是在博士班開始的時候,而且我是完全沒有接觸過寫程式的新手。我那時剛接觸的時候,所謂萬事起頭難,最困難的也是最挫折的應該是連問問題都有點沒辦法。

因為對一個完全新的事物,大概連要怎麼google答案都會有點障礙,所以我當時的學習方式其實有點傻,就是一行一行把code丟上google搜尋,尋找每一個function的使用方式。

當時學習生物資訊的時候,覺得有些可惜就是中文資料並沒有像英文一樣充足,雖然英文閱讀上並不是什麼障礙,但我個人有遇過英文都看得懂,痛苦的是無法理解其中到底代表什麼意義。

所以,我會以個人學習的歷程分享和生物資訊相關的文章。
我最常使用的就是Python , R 而文章分享也會以這兩種語言為主。
在分享過程中,也想順便重新複習那些我曾學過的分析(GATK, RNA-seq, PRS analysis, visualization)。

這裡可以先給一些我認為對生物資訊新手有幫助的網站:
1) stackoverflow : https://stackoverflow.com/
2) biostars: https://www.biostars.org/

stackoverflow 主要是討論coding的論壇,當有錯誤出現時,在上面搜尋常常都能找到有類似的討論串,也會有人在文章裡分享解決方法。

biostars 則是包含了和生物資訊分析相關的各種QA ,像是常用的vcftools, plink, samtool ...都可以在上面找到許多分析生資工具的討論。